Uno de los problemas fund. De la filo cristiana antigua y medieval es la relación entre fe y razón. La razón es la fuente natural de conocimiento y produce la Filo, mientras que la fe es una fuente sobrenatural que produce la Teolog Revelada. Para S. A., razón y fe colaboran en el esclarecimiento de una única vd, el cristianismo, a la que se accede por dos caminos: la razón, que nos acerca parcialmente, y la fe, que nos da el conocimiento pleno. Por ello, fe y razón son compatibles y la verdadera religión es también la verdadera filo. Esta colaboración se expresa en dos principios: la fe ilumina a la razón (“cree para comprender”), ya que la razón humana es limitada, y la fe se vale de la razón (“comprende para creer”), pues la comprensión racional es la forma más elevada de la fe. S. A. Critica el escepticismo afirmando la certeza de la propia existencia:
Aunque me engañe, no dejo de existir. Existimos y sabemos que existimos mediante la experiencia interior y la autoconsciencia. El punto de partida del conocimiento está en la intimidad de la conciencia, mediante un proceso de interiorización y autotrascendimiento. El conocimiento pleno se alcanza mediante una dialéctica ascendente con tres etapas: conocimiento sensible, inestable y compartido con los animales; conocimiento racional inferior o ciencia, referido a las cosas del mundo como aproximaciones a modelos eternos; y conocimiento racional superior o sabiduría, puramente inteligible, que contempla verdades eternas e inmutables. Las Ideas se encuentran en la mente de Dios. S. A. Rechaza la reminiscencia platónica y defiende la teoría de la iluminación: las Ideas solo pueden conocerse mediante una iluminación divina que Dios concede al intelecto humano, ya que la mente humana es mutable y temporal.

El tema central de la filo de S. A. Es Dios, que es tanto la vd a la que aspira el conocimiento como el fin último de la vida humana, consistente en la visión beatífica. Para alcanzarlo es necesaria la gracia divina. Aunque no formula pruebas sistemáticas, propone argumentos como el cosmológico, el del consenso y el epistemológico, según el cual las Ideas eternas deben tener su fundamento en un ser eterno e inmutable: Dios. La creación del mundo es un acto libre de Dios y se explica mediante la doctrina del ejemplarismo: las esencias estaban en la mente divina como modelos, y mediante las razones seminales Dios sembró en la materia las semillas de los futuros seres. El tiempo comienza con la creación. A diferencia del Demiurgo platónico, Dios no tiene condicionamientos: crea tanto las ideas como la materia. Dios es infinito, inmutable, eterno, omnipotente y omnisciente, y además es creador y sustentador de todo, sumo bien y ser cercano en relación personal con el hombre.

En la jerarquía de la creación, el ser humano ocupa un lugar privilegiado tras los ángeles. Es un compuesto de cuerpo y alma, siendo el alma la realidad más importante. El alma es una sustancia espiritual, simple, indivisible e inmortal, y actúa mediante tres facultades: memoria, entendimiento y voluntad. San Agustín niega la preexistencia del alma y defiende el traducianismo, según el cual el alma se transmite de padres a hijos. El ser humano vive en una constante búsqueda que lo lleva a autotrascenderse, tanto en el conocimiento como en la voluntad, buscando la felicidad que solo puede encontrarse en Dios. El fin último del hombre es la salvación, alcanzable solo en la otra vida. El alma, unida al cuerpo, oscila entre el bien y el mal. El mal no procede de Dios ni del cuerpo, sino que es privación de bien. El pecado original dificulta la elección del bien mediante el libre albedrío. La libertad auténtica solo es posible gracias a la gracia divina. Contra el pelagianismo, San Agustín afirma que sin la ayuda de Dios el hombre no puede hacer el bien ni alcanzar méritos propios, ya que estos son dones divinos

En La ciudad de Dios, S. A. Explica la historia como la lucha entre dos ciudades: la Ciudad Terrenal, basada en el amor a sí mismo hasta el desprecio de Dios, y la Ciudad de Dios, basada en el amor a Dios por encima de uno mismo. Esta lucha continuará hasta el juicio final. El providencialismo entiende la historia como dirigida por Dios hacia el bien universal. S. A. No separa política y religión: un Estado justo debe ser cristiano, y la Iglesia es la comunidad perfecta y superior al Estado. Defiende la intervención de la Iglesia en la sociedad civil y acepta la legitimidad del Estado y la obediencia a las leyes civiles. La sociedad es necesaria al individuo y sus instituciones derivan de la naturaleza humana. El poder político procede de Dios, pero S. A. Afirma la supremacía del poder espiritual sobre el temporal, doctrina conocida como agustinismo político.

S. A. Propone una ética eudemonista: el fin de la conducta humana es la felicidad o beatitud, que solo se encuentra en Dios con la ayuda de la gracia divina. El hombre es mutable e incapaz de bastarse a sí mismo, por lo que tiende hacia Dios mediante el amor entendido como caridad cristiana. La voluntad es libre y puede inclinarse hacia el bien o el mal. El mal no está en la materia, que es buena, sino que es privación de bien. Esta concepción refuta el maniqueísmo y ofrece una visión optimista del mundo. El mal moral o pecado surge del uso inadecuado del libre albedrío. El hombre es responsable del mal, no Dios. S. A. Se separa del intelectualismo moral platónico, pues sostiene que no se obra el mal por ignorancia, sino por la libre elección de la voluntad.

Para Tomás de Aquino la filosofía y las ciencias se apoyan únicamente en la luz natural de la razón. El filósofo parte de principios conocidos por la razón humana y obtiene conclusiones mediante el razonamiento. El teólogo, aunque también utiliza la razón, acepta sus principios por la autoridad de la Revelación. Existen verdades que pertenecen exclusivamente a la teología, ya que no pueden ser demostradas racionalmente y sólo se conocen por la fe, como los dogmas. Otras verdades son propias de la razón y no han sido reveladas. Sin embargo, hay verdades comunes a la fe y a la razón que han sido reveladas pero que también pueden demostrarse racionalmente; estas verdades reciben el nombre de preámbulos de la fe, como la existencia de Dios. La teoría del conocimiento de Tomás de Aquino procede de Aristóteles. El conocimiento humano comienza con los sentidos, que captan las cosas individuales compuestas de materia y forma. La percepción sensible deja en la memoria una imagen o fantasma del objeto. A partir de esa imagen, el entendimiento agente abstrae la esencia o especie universal. Tomás acepta la distinción aristotélica entre sustancia y accidentes, así como la composición hilemórfica, aunque la limita al mundo corpóreo. En los seres creados se da una distinción más profunda entre esencia y existencia: la esencia es potencia y la existencia es acto. Todos los seres finitos son contingentes, pues reciben su existencia de otro, y sólo en Dios coinciden esencia y existencia, siendo acto puro.

La filosofía cristiana medieval recibe el nombre de Escolástica y la obra de Tomás de Aquino representa su culminación, ofreciendo la síntesis más elaborada entre fe y razón. Tomás distingue entre teología dogmática, basada en la Revelación, y teología natural, que forma parte de la metafísica y estudia racionalmente aquellas verdades comunes a la fe y a la razón. La existencia de Dios puede ser demostrada mediante las cinco vías, que parten de la experiencia sensible y se apoyan en el principio de causalidad. La primera vía parte del movimiento y concluye en la existencia de un primer motor inmóvil. La segunda se basa en la causa eficiente y afirma la necesidad de una causa primera no causada. La tercera vía se apoya en la distinción entre seres contingentes y ser necesario, concluyendo que debe existir un ser que exista por sí mismo. La cuarta vía parte de los grados de perfección y afirma la existencia de un ser sumamente perfecto. La quinta vía observa el orden y finalidad del mundo y concluye que existe una inteligencia suprema que lo gobierna. Una vez demostrada la existencia de Dios, Tomás afirma que no podemos conocer su esencia, ya que nuestro conocimiento depende de los sentidos. Por ello recurre a la vía negativa, excluyendo de Dios las imperfecciones de las criaturas, y a la vía afirmativa, atribuyéndole las perfecciones que se encuentran en los seres creados. Estas perfecciones se predican de Dios de manera analógica, debido a la distancia infinita entre Dios y las criaturas.

Según Tomás de Aquino, el ser humano está constituido por alma y cuerpo formando una única sustancia. El alma es la forma sustancial del cuerpo, aquello que le da la vida y perfección. Siguiendo a Aristóteles, distingue distintos tipos de alma según las funciones vitales. Las plantas poseen alma vegetativa, los animales alma sensitiva y el ser humano alma intelectiva, cuyas actividades propias son el entendimiento y la voluntad. Tomás defiende la inmortalidad del alma humana argumentando que el intelecto conoce el ser sin las limitaciones del tiempo y del espacio, lo que explica el deseo natural de existir siempre. Como ningún deseo natural es vano, el alma intelectual debe ser incorruptible. El conocimiento humano, una vez más, se explica a partir del modelo aristotélico, en el que los sentidos proporcionan el material sensible que el entendimiento abstrae para alcanzar el conocimiento universal.

El ser humano posee inclinaciones naturales comunes a todos los seres vivos, como la conservación de la vida, y otras compartidas con los animales, como la reproducción. Además, como ser racional, tiene una inclinación natural a buscar la verdad y a vivir en sociedad. Dios, como creador y gobernante del universo, ha establecido una ley eterna que es la fuente de la ley natural. Esta ley natural es la participación de la ley eterna en el ser humano y regula su conducta moral. La ley positiva del Estado debe basarse en la ley natural y no puede contradecirla, ya que toda autoridad procede de Dios. El fin de la sociedad es la vida virtuosa, pero el fin último del hombre es la felicidad sobrenatural, que consiste en gozar de Dios. Este fin no corresponde al Estado sino a la Iglesia, por lo que el poder temporal debe estar subordinado al poder espiritual, aunque cada uno tenga su propio ámbito de actuación.

La ética de Tomás de Aquino es eudemonista y teleológica, ya que todas las acciones humanas tienden a un fin, que es la felicidad. Sin embargo, la felicidad perfecta no puede alcanzarse en esta vida, sino únicamente en la vida futura, donde consiste en la visión de Dios. Los bienes del mundo son limitados y no pueden satisfacer plenamente al ser humano. Las virtudes son hábitos que permiten al alma obrar bien. Tomás distingue entre virtudes intelectuales, virtudes morales y virtudes teologales (fe, esperanza y caridad), que tienen a Dios como objeto y son infundidas por Él. El bien moral es aquello que conviene a la naturaleza racional del hombre, por lo que la ley moral coincide con la ley natural, que puede ser conocida por la razón, es universal e inmutable y coincide con los diez mandamientos. Dios gobierna el mundo mediante la ley eterna, y el ser humano, como ser libre, se rige por la ley natural, conocida a través de la conciencia moral. La vida moral se orienta así hacia la práctica de las virtudes y hacia la felicidad última, que solo se alcanza plenamente en la uníón con Dios.